În 1581, la cererea prințului maghiar István Báthory, iezuiții au înființat primul colegiu al orașului, cu trei facultăți: de drept, de teologie și de filozofie.

În 1698, o nouă universitate este creată de Curtea de la Viena și administrată de iezuiți,  „Academia Societatis Jesu Claudiopolitana”. Călugării au reorganizat în 1776 universitatea cu patru facultăți: de teologie, drept, filozofie și medicină.

Clădirea principală a Universității „Babeș-Bolyai” a fost înălțată între 1893 și 1902 după planurile arhitectului Carol Meixner. Numele universității evocă personalitatea celor doi savanți de renume internațional: bacteriologul român Victor Babeș (1854-1926) și matematicianul ungur Janos Bolyai (1802-1860). Acest nume a fost dat universității în 1959, în urma regrupării celor două universități: cea maghiară, purtând numele lui Janos Bolyai, întemeiată în 1872 prin decizia împăratului Francisc Joseph, și cea română, purtând numele lui Victor Babeș și fondată în 1920.